14种板鳃鱼类的系统发育分析和分歧时间估计

对准:
  领地鳃基的接合板的物种是从单系GR退化而来的。,继陷于两个同科组,即板鳃子集(Elasmobranchii)和全头子集(Holocephali)。此子集沿两个相干开展:一支有效了神速游水的纺锭状的按体型归类——侧孔登记详情Pleurotremata(鲨形登记详情Selachomorpha);另一支则开展为平的按体型归类,适宜底栖、少敏捷的继续存在典型——下孔登记详情Hypotremata(鳐形登记详情Batomorphp)。鳃鳃子集在海外散布于全形成球体。,在无尽的的发展皱纹中,生态典型被判为永久罪的大量的。,首要在寒带浅水区。鉴于形成球体水产资源的缩减,接合板布居社会生态学的考虑触发某事了民间音乐的在海外关怀。。软测达到目标模型学方法。

对准:
领地鳃基的接合板的物种是从单系GR退化而来的。,继陷于两个同科组,即板鳃子集(Elasmobranchii)和全头子集(Holocephali)。此子集沿两个相干开展:一支有效了神速游水的纺锭状的按体型归类——侧孔登记详情Pleurotremata(鲨形登记详情Selachomorpha);另一支则开展为平的按体型归类,适宜底栖、少敏捷的继续存在典型——下孔登记详情Hypotremata(鳐形登记详情Batomorphp)。鳃鳃子集在海外散布于全形成球体。,在无尽的的发展皱纹中,生态典型被判为永久罪的大量的。,首要在寒带浅水区。鉴于形成球体水产资源的缩减,接合板布居社会生态学的考虑触发某事了民间音乐的在海外关怀。。几乎鳃基的接合板体系发生的主张有非常不同的之处。,甚至在刚过去的层面上亦有争议的。,跟随测序技术的开展,染色体组程度的资料越来越多地家用电器在体系发生考虑中,极大地预付款了物种间相互相干的保证。
本考虑对细胞核染色体组(包罗构造)举行了配给和辨析。、规模、偏倚性、密码子和把持区,应用包罗配给辨析细胞核全序列的14种在内的共28种板鳃接合板的细胞核染色体组全序列对板鳃接合板的体系发生相干举行议论。不同的家系中CoⅠ和ND5生殖细胞的细胞质的推迟行动率使发散F,用松懈分子钟测量口径化石记载并预算书DIF。
方法:
1、鳃鳃类14个完整无缺的细胞核染色体组的拔出,并举行全序列测序,议论了细胞核染色体组及其生殖细胞的细胞质规模。,生殖细胞的细胞质的间距与堆叠,根底运用偏倚,蛋白质编码生殖细胞的细胞质,tRNA、rRNA、细胞核染色体组的根本特点,如把持AR。
2、细胞核染色体组全序列,鳃子集28种接合板的结成,完全的亚类达到目标大西洋镶嵌(Chimaera) monstrosa NCY03136和叶吻镶嵌(Callorhinchus) 作为内部群的CalryNyChuScN014141),为了运用最大观念化方法(峰值) parsimony, MP)、最大似然法(最大似然法) likelihood,ML和贝斯取自父名方法(贝斯取自父名) inference,BI)三种株建筑物方法在体系发生树复原物达到目标家用电器,侧孔井口体系个人财产及根本原理按次议论,为体系发生归类抚养分子程度的校样。
3、本COI和ND5生殖细胞的细胞质的分子钟弛豫的贝斯取自父名方法 MCMC算法,以下孔登记详情与侧孔总对准经过的(+)Archaeobatidae化石时间(百万年前)和鳐形目与对立的事物下孔登记详情经过的(+)Rajorhina 膨大化石时间(百万年)为规范点,( )始祖鸟科 顶点确定根底。用兽 v1.8.0包装袋预测板鰓接合板的分歧时间,协同先人时间辨析 most recent common ancestor,TMRCA)。本COⅠ和ND5生殖细胞的细胞质分岔预测出的6个包装材料的分歧时间分岔为Node1,侧孔和下孔的总网格;NoDE2,蝠蛾射线和射线状眼睛,恶劣的与胡莎牧、须鲨目、定单的定单按次的按次,鲸鲨和对立的事物坑蒙拐骗的人;NoDE5,坑蒙拐骗的人和坑蒙拐骗的人的按次;NoDE6,史提西尼和Raja的对立的事物王室。将每个包装材料实现预期的成功实现的事的差动的时间与化石R举行关系上地。,生物布局学铸模辨析。
成功实现的事与议论:
1、14种板鳃子集细胞核DNA染色体组的37个生殖细胞的细胞质和两个非编码区(OL和D-Loop)的军衔方法同对立的事物羊膜畜生相同的。从每个生殖细胞的细胞质的规模,除把持区在鲼目张贴明白的分叉:鲼形对准把持区规模为对立的事物板鳃子集接合板把持区规模的两倍外,对立的事物生殖细胞的细胞质的规模根本确认。。细胞核染色体组中A T满足明显高于THA,显示GC的对立缺少和AT的对立丰度,显著地,把持区域大量的。,契合未婚夫畜生细胞核的根本结合特点。与细胞核DNA稿件相互关系的中断区(TAS)、去核守旧区(CD)与守旧序列区(C)。
2、经过最大概要的法(MP),最大似然法(ML)和贝斯取自父名法(BI)三种方法对板鳃子集的体系发生树举行了复原物,体系发生成功实现的事背衬全序和横向的辨别,最大似然法和贝斯取自父名法体系树的成功实现的事显示两种虎鲨和三种斑竹鲨的结果枝长较短,这泄漏,这些物种经过的相干更亲密。。鲼目和鳐形对准某类明确的的被分为两支。康帕诺以为次序的次序可能性是从光线进化而来的。,体系发生树显示了普拉日斯克家族经过的相干。。
3、采取化石记载预测分歧时间,它对分子退化形成球体有很大的感染。,但分子钟预测的时间常常与化石不顺从。,集中的分歧时间预测要早很多,有些甚至比化石年龄早了两倍。,化石记载代表任何人物种发生模型的时间。,分子钟预测代表生殖减震的时间。,像这样,化石所抚养的时间比预测的时间晚。。找茬儿在K-T湮没前的辨别时间,盘古最重要的的体系发生与分割、古地中海的消除等布局敏捷关于。

使展开

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